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提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

  近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。

  全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

  统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

  相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

  该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

  与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。

  该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

 

3900盏花灯点亮世园公园******

  本报讯(记者 李瑶)1月15 日晚,2023年北京世园花灯艺术节开幕,园内170组3900盏花灯依次点亮,花灯璀璨、流光溢彩。此次花灯艺术节将一直持续至10月15日,跨越四季,共计274天。

  世园公园一号门前,“盛世花梦”灯组高17米、宽35米,大气恢宏,是此次花灯中最大的灯组。花灯融合祥云、中国结、折扇等传统文化元素,特制灯笼、六方宫灯、四方楼阁传递着浓浓年味儿,迎接着四方来宾光临。步入园内,仿佛走进璀璨灯海,11个特色景观区各美其美:以盛世花梦、赛博萌兔为主题形象的迎春年味区,以花团锦簇、祝福祖国为主题形象的“中华之美 锦绣花开”核心景观区,以妫汭女神、鱼跃龙门为主题形象的祈愿区,以奇花异草为主题的梦幻森林区,以恐龙世界为主题的侏罗纪体验区等依次展现,由长约3000米花灯观赏长廊串联起来,游客们纷纷拿起手机切换角度拍摄。

  灯海中,高达14米的“世园仙子”绚烂缤纷,它以延庆地区神话人物“妫汭女神”为创作原型,花灯以绿色为主,寓意着希望、和谐。融入了特色瑞兽的“九区黄河灯阵”继承了北方传统民俗,灯阵长30米、宽40米,龙柱高8米,游客畅游其中,可体验“转黄河”非遗文化。在万花广场,“十二花神”和“十二生肖”排列成花灯走廊,草坪中分布着“花团锦簇”“国色天香”“花开富贵”等6组大型花灯组团,美不胜收。

  本次花灯艺术节除了推出多彩花灯之外,期间也将推出戏冰戏雪特色活动。正月初一至正月十五,公园每晚还将上演特色花车游园。艺术节期间,世园公园也将同步调整开园时间,赏花灯的游客每日17时开始检票入园,冬季亮灯时间为17时至22时,夏季亮灯时间为18时至23时。

  花灯游览路线为:1号门-万花广场-园区中路-天田山下-植物馆东路-植物馆-园区南路-1号门。游客可通过“北京世园公园”官方微信公众号、官方抖音号、“长城内外·i游延庆”小程序等平台进行预约购票。

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